Süren Projeler

Design and Manufacturing of a High Power Optical Cavity at TARLA (120C214) (Co-Funded Brain Circulation Scheme2)

Project Süresi: 2021-2023

Koordinatör: Barış Yıldırımdemir

Mentor: Avni Aksoy

Konu ve Önemi: TARLA gibi yüksek güçlü bir FEL’in karmaşık bileşenlerinden biri optik rezonatördür. Optik rezonatör, dalgalayıcının uçlarına yerleştirilmiş ve mükemmele yakın bir vakumda tutulan iki (veya daha fazla) aynadan oluşur. Bir aynanın %100 yansıtma, diğerinin kullanım için az miktarda ışığı iletecek bir deliğe sahip olması tercih edilir. Aynalar arasındaki mesafe kritiktir ve sürekli olarak korunmalı ve art arda gelen ışık darbelerinin dalgalayıcıdan geçerken elektron darbeleriyle aynı fazda tutulmasını sağlamak için ayarlanmalıdır. Optik rezonatöre ek olarak, boşluk uzunluğu ve enine hizalama, her zaman katı kararlılık gereksinimlerini karşılamalıdır.

TUBITAK BIDEB 2232 Uluslararası Lider Araştırmacılar Programı

Başlık: Structural Biology of Membrane Proteins involved in Quality Control (118C225)

Proje Süresi: 12/2019-12/2022

Yürütücü: Burak V. Kabasakal

Özet: İlaç keşfi ve terapötiklerin tasarımı, proteinler gibi biyomoleküllerin mekanizmalarının anlaşılmasını gerektirmektedir. Yapısal biyoloji bu keşiflerin temelini oluşturmaktadır. Tüm hücre proteomunun %25’inden fazlasını oluşturan membran proteinleri, hücrenin çevresi ile etkileşime aracılık etmesi nedeniyle tıbbi olarak önemli bir protein sınıfına dahildir, bu proteinlerin katlanması ve bozunması şaperon ve proteazlar tarafından kontrol edilerek membrana dahil edilmektedir. Bu araştırmanın amacı membran proteini yerleştirme, katlama ve kalite kontrol arasındaki bağlantıyı kriyo-elektron mikroskopisi ve X-Işını kristalografisi ile çapraz bağlamalı kütle spektrometresi gibi tamamlayıcı teknikler kullanarak anlamaktır.

UFUK 2020 PRIMA (Partnership for Research and Innovation in the Mediterranean Area Programme)

Başlık: FunTomP: Functionalized Tomato Products (2032)

Proje Süresi: 05/2021-05/2025

Ortak/Yürütücü: Burak V. Kabasakal

Özet: FunTomP’nin amacı, geleneksel Akdeniz domates ürünlerini yeniden formüle etmektir. Mevcut tüketici eğilimini göz önünde bulunduran fonksiyonel gıdalar, şeker pancarı işleme yan ürünü olan yapraklardaki proteinlerce zenginleştirilerek üretilecektir.

TARLA’da özütlenen proteinler, çeşitli kromatografik yöntemlerle saflaştırılacak ve SDS poliakrilamid jel elektroforezi ile analiz edilecektir. İzole edilen saf proteinlerin yapı analizleri X-ışını kristalografisi ile gerçekleştirilecektir. Protein karakterizasyonu ve proteomik çalışmalarının sonuçlarına göre diğer yenilebilir bitkilerdeki eşdeğer proteinler dizi bazlı bir karşılaştırma ile analiz edilecektir.

TÜBİTAK ARDEB 1001

Başlık: Antikanser etkili, peptidomimetik yapıda, HoxA9-Pbx1/3 protein-protein etkileşim inhibitörlerinin geliştirilmesi (121S519)

Proje Süresi: 10/2021-10/2024

Araştırmacı: Burak V. Kabasakal

Özet: Hox ve Pbx, birlikte çalışan, embriyo gelişiminde önemli roller oynayan, ancak deregülasyonları neticesinde tümör oluşumunda, yayılmasında ve hücre ölümüne dirençte rol oynayan iki sınıf transkripsiyon faktörüdür. Bu sebeple, Hox ve Pbx proteinlerinin birbiri ile etkileşimini inhibe edecek moleküller, Hox-Pbx fonksiyonunun kanserdeki patolojisinin aydınlatılmasında ve yeni tedavi yöntemlerinin geliştirilmesinde önemli roller oynayacaklardır. Projemizde, HoxA9-Pbx1 kristal yapısından hareketle, HoxA9’dan türetilen ve Pbx1’e ve homoloğu Pbx3’e (Pbx1/3) bağlanacak, hücre içerisine girebilecek (permeabıl), stabil, potent, peptit benzeri (peptidomimetik) HoxA9-Pbx1/3 protein-protein etkileşim inhibitörleri geliştirmeyi hedefliyoruz. Öncelikli olarak, inhibitörlerin Pbx1’e bağlanmalarını tespit etmek üzere iki farklı biyokimyasal yöntem geliştireceğiz. Ardından, HoxA9’un Pbx1’e bağlanmada kullandığı peptitin sekansını kısaltarak, bağlanma için yeterli en kısa (minimum) zinciri tespit edeceğiz. Bu minimum zincirinden hareketle yapı-etki araştırmalarını gerçekleştirirken, pararlel olarak, in silico çalışmalardan destek alacağız.

Projeyi Destekleyen Kurum: Uluslararası Atom Enerjisi Ajansı

Proje Başlığı: Doğal Kaynakların Etkin Kullanımı ve Çevresel Gözetim çalışmalarında Radyo-İzleyici ve Kapalı Kaynak Tekniklerinin Uyarlanması

Proje Süresi: 2022-2025 (4 yıl)

Proje Yürütücüsü: Süleyman Fatih ÖZMEN

Konu ve Önemi: Proje ile üye ülkelerin petrol ve jeotermal alanlarda, maden işleme tesislerinde, atık su arıtma havuzlarında, çimento imalatında, kimya ve petrol endüstrisinde, kıyı mühendisliği yönetimi ve baraj bakımında radyo-izleyici ve kapalı kaynak yöntemlerini uygulama olasılıklarını keşfetmeleri için mevcut metodolojileri ve stratejileri uyumlu hale getirmeyi ve güçlendirmeyi destekleyecektir. Bu aynı zamanda karbon emisyonlarının ve kirliliğin azaltılmasına, enerji ve kaynak verimliliğinin artırılmasına ve AB tarafından benimsenen yeşil ekonomi ve döngüsel ekonomi ile uyumlu olan biyoçeşitlilik ve ekosistem hizmetlerinin kaybının önlenmesine de katkıda bulunacaktır.

LASER Yazma Yöntemi İle Elmasta NV- Renk Merkezlerinin Oluşturulması ve Gözlenmesi

Project Süresi: 2022-2023

Proje Yürütücüsü: H. Gül Yağlıoğlu

Proje Araştırmacıları: Eyüp Duman,  H. Özgür Çıldıroğlu

Proje Bursiyeri: E. Uzay Karakaya

Konu ve Önemi: Kuantum teknolojileri, son yıllarda hızlı gelişim göstermiş ve dünya çapında birçok farklı deneysel ve teorik grubun çalışma konusu olmuştur. Kuantum teknolojilerinin uygulamaya konulabilmesi açısından, bilim insanları uzun yıllardır kuantum bilgi birimi (Kübit) olarak kullanılabilecek sistemlerin arayışı içerisindedirler. Bu bağlamda, elmas içerisindeki kusurlara bağlı kuantum spin sistemleri ümit verici görülmektedir. Özellikle, elmas yapılardaki bazı renk merkezlerinin elektron-spin etkileşmelerinin kontrolüne izin vermesi, bu renk merkezlerinin elmas içerisinde uzaysal olarak nano çözünürlükle üretilebilmesi ile bu tür yapılar uygulamalar açısından ideal platformlar haline gelmiştir. Bu renk merkezleri arasında azot-boşluk (NV^–) renk merkezleri uzun ömürlü kuantum durumlarına ve iyi tanımlanmış optik geçişlere sahip olmaları nedeniyle en ümit verici aday olarak görülmektedir.  Bu proje çalışmasında, elmas tek kristaller üzerinde LASER yazma yöntemi ile NV^– merkezleri oluşturmak için ArGe çalışmaları yapılacaktır. Oluşturulan NV- merkezleri farklı deney yöntemleri ile analiz edilecektir.