Biyoteknoloji Laboratuvarı

Biyoteknoloji Araştırmaları

 

TARLA Biyoteknoloji Laboratuvarı, biyolojik proseslerin mekanizmalarını anlamak için biyolojik açıdan önemli proteinlerin ve protein komplekslerinin yapılarını ve dinamiklerini çözmek amacıyla radyasyon temelli teknikler kullanmaktadır.

 

TARLA Biyoteknoloji Laboratuvarı’ndaki araştırmalar moleküler biyoloji, rekombinant veya doğal protein üretimi ve saflaştırması, protein karakterizasyonu, X-ışını kristalografisi, elektron mikroskopisi veya ultra hızlı zaman çözünürlüklü lazer soğurma spektroskopisi için numune hazırlama, protein yapısı modelleme, biyokimyasal ölçümler (enzim kinetiği, vb.) ile çapraz bağlama kütle spektrometresi (XL-MS), Küçük Açı X-ışını Saçılması (SAXS) ve CD (Dairesel Dikroizm) Spektroskopisi gibi tamamlayıcı teknikleri içerir.

 

Güncel Öğrenciler

Mehmet Çalıseki, Doktora Öğrencisi, Sabancı Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik

Hatice Akkulak, Doktora Öğrencisi, ODTÜ Biyokimya

Ataollah Nosratinia, Doktora Öğrencisi, ODTÜ Biyoteknoloji

Gizem Biter, Yüksek Lisans Öğrencisi, ODTÜ Kimya

1. Nurefşan Kuzucu, Yüksek Lisans Öğrencisi, Ege Üniversitesi Biyoteknoloji

Useyma Gülhan, Yüksek Lisans Öğrencisi, ODTÜ Biyokimya

Aleyna İrem Çilingir, TÜBİTAK 2247-C STAR Bursiyeri, ODTÜ Biyoloji-Fizik

Güzin Beyza Yıldız, TÜBİTAK 2247-C STAR Bursiyeri, ODTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik

 

Membran Proteinleri Translokasyonu ve Kalite Kontrolü

 Membran proteinleri tüm hücrelerin proteomunun %25’inden fazlasını oluşturan tıbbi, farmasötik ve biyoteknolojik nedenlerle önemli bir protein sınıfıdır. Membran proteinlerinin hücre zarına dahil edilmesi gerekir, buna protein translokasyonu adı verilir. Bu süreçte protein kalite kontrol mekanizmaları şaperonlar ve proteazlar tarafından gerçekleştirilir. BvK LaB bu proteinlerin ve oluşturdukları komplekslerin nasıl işlediğini ve membran protein biyogenezinde nasıl işbirliği yaptıklarını yapısal biyoloji bakış açısı ile incelemektedir.

 

Azot Fiksasyonunda Görev Alan Proteinlerin İncelenmesi

Endüstriyel olarak üretilen azot gübreleri atmosferik nitrojen gazını biyolojik olarak kullanılabilir amonyuma dönüştürmek üzerine dayalıdır. Bu endüstri tüm fosil yakıt kullanımının %5’ine kadar büyük miktarda enerji kullanmaktadır. Bu şekilde, günümüzdeki tarım uygulamaları sürdürülebilir olmayan bir yönteme dönüşmüştür. Aynı zamanda, kimyasal gübrelerin su ekosistemlerine akması yoluyla ciddi çevre sorunları ortaya çıkmaktadır. Bu nedenle biyolojik azot sabitlemeyi anlamak yeni nesil sürdürülebilir tarım stratejileri geliştirmek için araştırmacılara alt bilgi sağlayacaktır.

 

Araştırma Altyapısı	Biyoteknoloji Laboratuvarı
PCR Cihazı (LongGene)	DNA amplifikasyonunda (çoğaltılmasında), hedefli mutasyonlarında ve analiz edilmesinde kullanılır
Yatay Jel Elektroforez Sistemi (Consort Horizontal Mini-Electrophoresis System)	Plazmit ve PCR ürünlerinin agaroz jel üzerinde miktar ve boyut analizinde ve izole edilmesinde kullanılır
Dikey Jel Elektroforez Sistemi (Consort Vertical Electrophoresis System)	Proteinlerin miktar, saflık ve boyut bakımından analizinde kullanılır (SDS-PAGE ve native PAGE)
Termostatik Çalkalamalı İnkübatör (Biobase)	Katı ve sıvı kültürde küçük ve büyük ölçekte mikroorganizmaların büyütülmesinde kullanılır
Soğutmalı/soğutmasız Santrifüjler (Eppendorf/AllSheng)	Küçük ve büyük hacimli hücre kültürlerinin çöktürülmesi, ayrılması ve protein örneklerinin konsantre edilmesinde kullanılır
Yüksek Hızlı Santrifüj (Beckman Coulter Avanti JXN-26)	Büyük hacimli hücre kültürlerinin çöktürülmesi ve ayrılmasında kullanılır.
Ultrasantrifüj (Beckman Coulter Optima XPN-80)	Hücre membranlarının ve organellerin ayrılmasında kullanılır.
Ultrasonikatör (Sonics)	Hücre duvarının parçalanmasında kullanılır.
Otoklav (İldam)	Çeşitli kimyasalların, besi ortamlarının, malzemelerin sterilizasyonunda, atık malzeme ve besiyerlerinin sanitasyonunda kullanılır.
Buz Makinesi (Evermed)	Farklı deneysel aşamalarda soğuk çalışma olanağının sağlanmasında kullanılır.
Soğutucular (+4 oC)/Derin dondurucular (-20 ve -80 oC) (Haier)	Çeşitli kimyasalların saklanması, hücre kültürü stoklarının oluşturulması, üretilen proteinlerin saklanmasında kullanılır.
Nanodrop (AllSheng Nano 300 w/ 600 nm option)	Protein ve DNA konsantrasyonlarının ölçülmesinde, hücre kültürlerinin büyütülmesi sırasında optik yoğunluk ölçümlerinin yapılmasında kullanılır.